De missie van stichting Het Pakhuis omvat wat Het Pakhuis wil zijn, wil betekenen voor haar omgeving en waarmee Het Pakhuis zich onderscheidt van andere musea, erfgoedinstellingen en educatiecentra:

Het Pakhuis stelt zich ten doel om het erfgoed van de gemeente Ermelo en de vondsten van de Veluwe te bewaren, te beheren en te conserveren, te onderzoeken en te verzamelen, te publiceren en te presenteren binnen en buiten haar eigen gebouw. Wij richten ons daarbij op een zo breed mogelijk publiek, alle inwoners van Ermelo maar ook de bezoekers van Ermelo.

Het Pakhuis wil een bijdrage leveren aan de identiteitsvorming van de inwoners van de gemeente Ermelo en omgeving. Wij stimuleren educatieve ontplooiing en ontwikkeling, werken verbindend met volop ruimte voor participatie en wij dragen bij aan een levendig en attractief beeld van Ermelo. Het Pakhuis staat letterlijk en figuurlijk midden in de samenleving van Ermelo.

De missie van Het Pakhuis is als volgt in één zin te vatten: Het Pakhuis wil inwoners van en bezoekers aan Ermelo het verhaal van Ermelo en omgeving laten ontdekken, hen met dit verhaal verrijken, door spelend leren inspireren en hen verbinden aan elkaar en aan hun omgeving.

Het Pakhuis beantwoordt met deze visie aan de definitie die de International Council of Museums (ICOM) voor musea heeft vastgesteld:
“A museum is a not-for-profit, permanent institution in the service of society that researches, collects, conserves, interprets and exhibits tangible and intangible heritage. Open to the public, accessible and inclusive, museums foster diversity and sustainability. They operate and communicate ethically, professionally and with the participation of communities, offering varied experiences for education, enjoyment, reflection and knowledge sharing.”